Pour garder les animaux en bonne santé, il est indispensable d'assurer une hygiène scrupuleuse du terrarium. Le substrat doit être changé, au moins partiellement, tous les jours (les tortues font beaucoup plus de saletés que les autres reptiles) et le récipient contenant l'eau doit rester propre.

En outre, tous les éléments présents dans le terrarium doivent être périodiquement nettoyés et désinfectés ou remplacés. On peut utiliser comme désinfectant de l'eau de Javel diluée qui est à la fois efficace et économique puis rincer abondamment avec de l'eau claire. Il faut absolument éviter les désinfectants à base de phénol qui sont toxiques pour les reptiles.